Historia przedstawiona w grze dzieje się w okresie trzeciej wyprawy krzyżowej, dowodzonej przez sławnego angielskiego króla Ryszarda Lwie Serce. Całość akcji toczy się na terenach znanych jako Ziemia Święta (między innymi w Jerozolimie). Gracz kieruje postacią Altaira, członka klanu zabójców.

Rozgrywka składa się z szeregu misji, których sposób wykonania jest dowolny. Niektóre elementy pozostają jednak niezmienne dla wszystkich zadań. Zabójca (assassin) najpierw przyjmuje zlecenie, następnie niepostrzeżenie zbliża się do celu, dokonuje morderstwa i jak najszybciej umyka z miejsca zbrodni. Ukończenie większości misji nie jest przy tym proste, gdyż większość celów jest dobrze chroniona. Wiele czasu należy spędzić ukrywając się i przemykając zaułkami lub po szczytach dachów.

Sterowanie postacią uproszczono jeśli chodzi o czynności, takie jak: wspinanie się, skakanie, wtapianie się w tłum i krycie się w cieniu. Wykonywane są one dzięki naciśnięciu jednego przycisku. Postać sama dba o szczegóły, przykładowo omijając ewentualne przeszkody w trakcie wspinaczki na dach lub wybierając grupę przechodniów, w którą ma się wtopić. Z kolei sterowanie w czasie walki jest dość skomplikowane, postać dysponuje sporym zestawem ciosów oraz często stosowanymi unikami. Bohater może korzystać z dość rozbudowanego arsenału średniowiecznych broni.

W trakcie kolejnych misji ważnym czynnikiem są postacie niezależne. Większość zadań toczy się w zatłoczonych miastach i czynność taka jak zeskoczenie z dachu prosto w tłum spowoduje zainteresowanie mieszkańców, którzy mogą wskazać postać strażnikom. W grze pełno jest również innych sytuacji pozwalających na wybór jednej z kilku metod działania, przy czym każda z nich niesie ze sobą różne konsekwencje.