Crysis 2 to pierwszoosobowa strzelanina, w której ponownie przywdziewamy dający nadludzkie możliwości nanokombinezon, by stanąć przeciwko hordom obcych najeźdźców. Stawką w tym starciu jest przyszłość naszej planety. Akcja gry zaczyna się trzy lata po wydarzeniach, których świadkami byliśmy w pierwszej części. Przez ten czas obcy zadbali, by znaczna część naszej planety przeobraziła się w pole bitewne. Największe miasta świata, takie jak Rio de Janeiro, Londyn czy Tokio, stały się wyludnionymi ruinami, których ulicami władają sondy obcych, a niebo nad nimi patrolują masywne statki kosmiczne. Gracz zostaje rzucony w samo serce zrujnowanego Nowego Jorku, gdzie musi stawić czoło nie tylko potworom z innej planety, ale również wrogo nastawionym żołnierzom C.E.L.L.