Akcja gry Brigade E5: New Jagged Union rozgrywa się w małym, tropikalnym państewku zwanym Palinero. Nie jest ono jednak za małe aby nie popaść w wojnę domową, która wybuchła po zamachu stanu. Jedynym sposobem zapanowania nad chaosem szalejącym między jego granicami jest wysłanie do Palinero grupy najemników. Poczynaniami tej grupy najemników przyjdzie nam kierować właśnie w Brigade E5: New Jagged Union. Z rozgrywki powinni być zadowoleni fani gier strategicznych z ukierunkowaniem na turówki, aczkolwiek pierwsze co rzuca się im w oczy to zastosowany w grze system pauzy zwany Smart Pause Mode. Jego działanie polega na tym, że gra jest przerywana kiedy dochodzi do jakiegoś zdarzenia typu: dostrzeżono przeciwnika, otworzono do naszych ludzi ogień, zraniono jednego z nich itp. Ponadto w odróżnieniu od klasycznych strategii turowych, w których postać aby wykonać jakąś czynność musi poświęcić na to odpowiednią ilość punktów akcji, w Brigade E5: New Jagged Union wykonanie czynności zajmuje określoną ilość czasu.