Głównym powodem konfliktu są metale ziem rzadkich, surowce niezbędne do produkcji zaawansowanej elektroniki, która w 2025 roku stanowi wszechobecną materię. W grze będziemy mieć okazję wcielić się w Davida Mason (potomka znanego z pierwszej części gry Alexa Masona), który zostanie wrzucony prosto w sam środek konfliktu. Głównym nemezis Masona będzie Raul Menendez, który jest kluczem do rozwiązania konfliktu. Call of Duty Balck Ops 2 będzie oferować graczom niespotykaną do tej pory wielowątkowość fabularną.

Podczas rozgrywki, gracz będzie mógł decydować o tym jak chce poprowadzić daną misję do końca. Każda jego decyzja wpłynie bezpośrednio na dalszą rozgrywkę oraz jak i na samo zakończenie. W Black Ops 2 nie zabraknie również fantastycznego trybu wieloosobowego. Do dyspozycji graczy zostaną oddane zupełnie nowe rodzaje broni oraz śmiercionośne drony, którymi będzie można sterować. Twórcy zadbali również o epickość rozgrywek wieloosobowych, przez co zmierzymy się z innymi graczami na mapach takich jak Aftermath – zniszczone Los Angeles z 2025 lub w opuszczonej wiosce – Yemen. W Black Ops 2 nie mogło zabraknąć trybu Zombie, w którym wraz z przyjaciółmi w trybie kooperacji stawimy czoła falom nieumarłych.