Gra jest adaptacją filmu o tym samym tytule, wyprodukowanego przez wytwórnię DreamWorks - największego konkurenta Disney'a wśród filmów dla dzieci. Fabułą filmu i gry są przygody pary przyjaciół Tulia i Miguela. Uwierzyli oni, że odnaleźli drogę do fortuny i chwały, kiedy podstępem wygrali mapę pokazującą drogę do legendarnego Złotego Miasta - El Dorado. Akcja gry nie jest jednak odwzorowaniem fabuły filmu, lecz opowiada pominięte w nim przygody dwójki podróżników.

Po ucieczce ze statku hiszpańskiego odkrywcy Cortesa, w której pomógł im bystry koń Altivo, bohaterowie trafiają na wyspę odpowiadającą tej z mapy El Dorado. Tulio, Miguel i Altivo wyruszają w drogę ku złotej krainie, po drodze czeka ich wiele przygód, muszą między innymi przedrzeć się przez gęstą dżunglę pełną czyhających na ich życie niebezpieczeństw.