Secret Agent Clank jest zręcznościówką opartą na uniwersum dwójki bohaterów - Ratcheta i Clanka. Poprzednie dzieła studia High Impact Games przedstawiały małego robocika jako nieodłącznego towarzysza Ratcheta. Omawiany program natomiast został w pełni poświęcony tytułowej postaci. Tłem rozgrywki są tarapaty przyjaciela, którego niewinność musi zostać ujawniona, a zarzuty obalone.
Secret Agent Clank to typowa platformówka wymagająca sprawności przy pokonywaniu kolejnych etapów w plejadzie skoków i dostawania się w z góry niedostępne miejsca. Ponadto Clank może za pomocą ciosów i uderzeń walczyć z napotkanymi przeciwnikami. Wraz z posuwaniem fabuły do przodu, protegowany nabywa nowych umiejętności, które będą nieocenione w dalszej zabawie.
Tytuł programu zobowiązuje niejako, zatem w Secret Agent Clank bohater napotka się z etapami, w których będzie musiał zachować pełną dyskrecję poprzez przemykanie za czujnymi oczami oraz słuchem oponentów. Cały system skradania przypomina nieco grę muzyczną, w której trzeba zręcznie omijać kolejne przeszkody na "trasie" i tym samym pozostać niezauważonym.