Mini Ninjas to gra zręcznościowa, w której główną postacią jest jeden z najmniejszych ninja, jakich można spotkać w grach. Dawno temu wielkie mocarstwo rozpadło się na małe prowincje, z których każda jest zarządzana przez innego mistrza. Każdy z nich chce zdobyć władzę nad całym mocarstwem, lecz najgroźniejszy jest Zły Wódz Samurajów. Gracz kieruje postacią ninja o imieniu Hiro. Hiro ma około 11 lat i 114 cm wzrostu. Musi on pokonać Złego Wodza Samurajów ukrywającego się w Fortecy Zła znajdującej się w sercu Zapomnianego Wulkanu. Po drodze do Fortecy musi także stawić czoła armii Złych Samurajów. Użytkownik ma do dyspozycji szereg broni oraz umiejętności, między innymi: Ninja-broń, Ninja-ciosy, Ninja-zaklęcia oraz Ninja-kapelusz, którego można użyć jako sanki, łódź lub tarczę. Postać kierowana przez gracza może także opanować 12 zaklęć Magi Kuji, które są przydatne w walce z oddziałami przeciwnika i z bossami. Hiro posiada także towarzyszy, którzy z nim podróżują i są pomocni w walce z wrogiem. Pokonani przeciwnicy aby zachować równowagę na świecie zamieniają się w zwierzęta, na przykład w lisy, żaby czy niedźwiedzie. Najważniejsze lokacje są strzeżone przez potężnych bossów. Podczas rozgrywki umiejętności gracza i jego drużyny stale się zwiększają, co skutkuje na przykład dostępem do nowych ciosów lub rozbudowaniem zdolności magicznych. Przebieg wydarzeń gracz obserwuje zza pleców Hiro. Oprawa graficzna ma kreskówkowy charakter.