Binary Domain jest grą akcji osadzoną w przyszłości. To kolejny projekt Toshihiro Nagoshiego, znanego przede wszystkim z serii Yakuza, która największy sukces odniosła przede wszystkim w Japonii. Binary Domain w większym stopniu skierowany został jednak w stronę zachodnich odbiorców, co objawia się między innymi w nieco innej tematyce, nie opracowywanej tylko z myślą o mieszkańcach Kraju Kwitnącej Wiśni. Akcja gry została osadzona w Tokio. Globalne ocieplenie zmusiło ludzkość do poszukiwania lepszych terenów mieszkalnych. Aby wielkie metropolie nie opustoszały dokonano ich rozbudowy wzwyż. Niezwykle pracochłonne zajęcie powierzono maszynom, co doprowadziło do powstania ogromnych korporacji zajmujących się produkcją i udoskonalaniem robotów. Gdy robotyka dokonała ogromnego skoku naprzód, by zapobiec zastępowaniu ludzi przez roboty do konwencji genewskiej dopisany został specjalny akt. Nie pozwalał on na stworzenie maszyny w pełni samodzielnie myślącej oraz robota, którego nie da się odróżnić od człowieka bez zaglądania w jego wnętrze.