UFO: Aftershock jest sequelem stosunkowo chłodno przyjętej gry UFO: Aftermath. Była ona próbą stworzenia po latach gry strategicznej bazującej na sukcesie powstałej w 1994 roku UFO: Enemy Unknown – niestety wiele z tych planów nie wyszło, bo chociaż Aftermath zachował ducha oryginału, rozgrywka w nim była nadto wobec oryginału uproszczona. Akcja sequela rozpoczyna się w roku 2054, w pół wieku po katastrofie, która uczyniła powierzchnię Ziemi nie nadającą się do mieszkania dla ludzi. Niedobitki rodzaju ludzkiego emigrowały na powierzchnię unoszącej się wyspy, Laputy, lecz i tam dosięgło je przeznaczenie w postaci rewolty przeciw nadmiernie skorumpowanej władzy. Konflikt zakończył się unicestwieniem wyspy i ludzie zostali zmuszeni łaskawym okiem spojrzeć na spustoszoną powierzchnię Niebieskiej Planety, obecnie znajdującej się w rękach obcych. Zadaniem gracza jest więc odbicie swej dziedziny z rąk kosmicznych najeźdźców – sektor po sektorze, państwo po państwie.