Fabuła w dużej mierze opiera się na filmie. Jednakże została nieco rozbudowana o wątki z powieści J.K. Rowling. Harry powraca do Hogwartu na piąty rok nauki. Z przerażeniem odkrywa, że środowisko czarodziejów zignorowało jego opowieść o niedawnym spotkaniu ze złym Voldemortem i nie wierzy w powrót złego czarodzieja.

Tymczasem Korneliusz Knot, minister magii, podejrzewa, że cała historia o powrocie Voldemorta została zmyślona przez Dumbledore’a w celu zagarnięcia jego stanowiska. Dlatego też powołał na stanowisko nauczyciela obrony przed czarną magią swoją starszą podsekretarz, Dolores Umbridge, która robi wszystko, by przejąć kontrolę nad uczelnią. Wskutek tych działań uczniowie Hogwartu stali się bezbronni wobec zagrażających szkole ciemnych mocy. Harry wraz z przyjaciółmi postanawia w tajemnicy założyć Gwardię Dumbledore’a, niewielką organizację studentów, którzy od Pottera uczyć się będą sekretów obrony przed czarną magią.

Sama gra opierać się będzie na eksploracji Hogwartu i jego okolic. W trakcie rozgrywki pokierujemy krokami nie tylko Harrego Pottera, ale również innych znanych z powieści postaci, w tym samego Dumbledore’a oraz Syriusza Blacka. Wszelkie napotkane przeszkody pokonamy robiąc odpowiedni użytek z czarodziejskiej różdżki i magicznych zaklęć.