Głównym bohaterem tytułu jest Yaiba Kamikaze, wyszkolony zabójca należący niegdyś do potężnego klanu ninja, z którym zerwał wszelkie więzi. W pewnym momencie jego ścieżka skrzyżowała się Ryu Hayabusą, protagonistą Ninja Gaiden, który wyzwał go na pojedynek. Yaiba przegrał z kretesem, tracąc oko, ramię oraz życie. Wkrótce jednak został wskrzeszony przy pomocy zaawansowanej technologii. Jego wybawcą okazała się tajemnicza organizacja, która poza nowym życiem i szansą, by zemścić się na swoim mordercy, wyposażyła go w niebezpieczną cybernetyczną broń i zdolności. Aby jednak otrzymać szansę na ponowne spotkanie z Hayabusą, bohater musi najpierw pomóc w likwidacji inwazji zombie.