Alien Syndrome to połączenie gry akcji i elementów cRPG, w którym postać kierowana przez gracza musi stawić czoło hordom obcych. Główną bohaterką programu jest Aileen Harding. Na początku zabawy gracz ustala cechy postaci (między innymi umiejętności specjalne). W trakcie rozgrywki bohaterka rozwija się zwierzając swoje możliwości.

Do dyspozycji gracza oddano dwadzieścia typów broni, takich jak miotacz płomieni czy karabin laserowy oraz inne akcesoria. Sama rozgrywka polega na toczeniu walk z nadciągającymi oddziałami obcych (około 100 rodzajów) oraz ich potężnymi przywódcami. Starcia toczą się na pokładach statków kosmicznych i w bazach planetarnych (łącznie 15 poziomów). W wielu miejscach niezbędne są również rozmaite działania nie związane bezpośrednio z walką, przykładowo włamywanie się do komputerów w celu otwarcia drzwi. Grafika programu ukazuje akcję z pomocą dynamicznej kamery.