Transformes: Wojna o Cybertron przenosi graczy do czasów konfliktu między Autobotami a Deceptikonami, który miał miejsce jeszcze przed wydarzeniami na Ziemi, a więc tymi znanymi z filmów Transformers i Transformers: Revenge of the Fallen. Produkcja studia High Moon nie jest powiązana w żaden sposób z kolejnymi kinowymi adaptacjami popularnej sagi o konflikcie pomiędzy robotami, a fabuła stanowi wstęp do wydarzeń znanych z poprzednich gier opowiadających o Transformersach.

Akcja gry rozgrywa się na w pełni mechanicznej, rodzimej planecie robotów, Cybertronie, od milionów lat ogarniętej wyniszczającą wojną między Autobotami i Deceptikonami. Biorąc udział w kolejnych misjach, gracz wciela się w znane z komiksów czy filmów postacie Transformersów.